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A Junta do Comércio tinha as seguintes funções em relação ao comércio de retalho: conceder licenças para abrir, em Lisboa, lojas de mercadores das cinco classes com base nas informações da Mesa do Bem Comum dos Mercadores; consultar e propor a eleição dos membros da Mesa; matricular os caixeiros; conhecer e julgar de todas as questões em que os mercadores e caixeiros matriculados fossem autores ou réus; conceder às viúvas dos mercadores a licença para continuarem com o negócio, e conceder a mulheres licenças para abrirem lojas de capela. No capítulo 122 dos Estatutos dos mercadores de retalho foi estabelecida a obrigatoriedade da matrícula na Junta do Comércio.