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A Junta do Comércio tinha também atribuições relativas à indústria e abrangiam a concessão de licenças para o estabelecimento de fábricas e de privilégios exclusivos aos inventores e introdutores de máquinas ou invenções, a matrícula de mestres, oficiais e aprendizes, o julgamento de todas as causas e questões relativas às fábricas, seus proprietários e outros trabalhadores. A Junta do Comércio esteve incumbida da
inspecção de variadas fábricas ou, até mesmo, de núcleos industriais como eram os casos da Real Fábrica das Sedas, com todas as suas fábricas anexas, e das Reais Fábricas de Lanifícios da Covilhã e do Fundão. Nestas últimas produziam-se os panos para o fardamento das tropas, cuja administração, por Resolução de 26 de Junho de 1764, foi entregue à Junta do Comércio, que a manteve até que, por Decreto de 25 de Janeiro de 1781, as fábricas de lanifícios passaram a estar sob a alçada da Junta de Administração das Fábricas do Reino e Obras de Águas Livres. À Junta do Comércio competia, ainda, conceder isenção de direitos de importação de matérias primas para a laboração das fábricas, e de exportação para as manufacturas nacionais.