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Pelo Alvará com força de Lei de 1 de Fevereiro de 1758, que definiu uma nova forma de despacho para os navios mercantes que navegavam para os domínios ultramarinos, verifica-se que a Junta do Comércio era parte interveniente em diversas fases do processo de despacho: exame e vistoria dos aparelhos, despachos ao mestre do navio, nomeação dos medidores dos volumes dos navios, recepção da contribuição dos marinheiros da Índia, tomada dos termos de juramento de qualificação dos navios portugueses, entre outros procedimentos. Por Aviso da Secretaria de Estado do Reino, de 11 de Maio de 1767, mandava-se qualificar na Junta do Comércio as equipagens dos navios, devendo tomar-se de cada um a lista da sua equipagem com os nomes, idades e sinais das pessoas, que ficaria registada na Junta do Comércio, remetendo-se cópia às Mesas de Inspecção ou Governos dos portos. A 10 de Setembro de 1765, por Alvará com força de Lei, foram abolidas as frotas (revogando o Decreto de 28 de Novembro de 1753, que regulava e determinava a saída das frotas), tornando-se livre a navegação e comércio para quaisquer portos. Em consequência, os fretes foram regulados pelo Alvará de 29 de Abril de 1766, sendo posteriormente abolido o parágrafo 142 do capítulo 17º dos Estatutos da Junta, a respeito da cobrança de fretes, por Edital de 12 de Maio de 1766. A verificação da observância da Lei de 6 de Dezembro de 1755, sobre a proibição da liberdade de comissários volantes, era também incumbência da Junta (parágrafo 3º do capítulo 17º dos Estatutos), tendo esta autoridade para passar as devidas atestações aos negociantes interessados. Relativamente aos marinheiros, que por falta de meios, se achassem dispersos e detidos em portos estrangeiros, foi resolvido, após Consulta, em 28 de Junho de 1783, que as despesas de repatriação seriam pagas pelo cofre da contribuição dos marinheiros da Índia. As equipagens que se batiam com o inimigo recebiam uma gratificação estipulada em 14 de Setembro de 1798. Já os donos e mestres de navios mercantes que se separassem dos combóios estavam sujeitos às penas definidas pela Ordem régia de 26 de Abril de 1798. Quanto às frotas do Brasil, o Alvará de 7 de Abril de 1770 determinou a forma de proceder quanto à arrecadação e segurança do transporte do ouro e dinheiro. Pelo Decreto de 21 de Novembro de 1757, a Junta do Comércio passou a nomear os inspectores dos cofres dos cabedais vindos da América e estabeleceu uma nova forma para a sua entrega na Casa da Moeda.