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O Serviço de Coordenação da Extinção da PIDE/DGS e LP, criado a 7 de Junho de 1974, na dependência directa da Junta de Salvação Nacional, era uma entidade essencialmente de justiça, encarregado de instruir os processos crime pelos quais os responsáveis, funcionários e colaboradores das extintas PIDE/DGS e LP eram apresentados a Tribunal Militar para julgamento.

A incriminação dos agentes e informadores da PIDE/DGS e LP, o levantamento das redes de informadores, as ligações e o envolvimento daquelas organizações com acontecimentos de interesse ou repercussão nacional, a colaboração nos processos de reclassificação, saneamento e reintegração eram atribuições e competências deste serviço. Para efeitos de contagem de .tempo de serviço ou de reabilitação, este serviço devia facultar as declarações e os certificados que lhe fossem solicitados, quer por parte dos antigos funcionários e agentes da ex-PIDE/DGS e LP, quer pelos indivíduos perseguidos pela PIDE/DGS.

O Serviço de Coordenação da Extinção da PIDE/DGS e LP, era composto pela Presidência, por um Gabinete de Instrução de, Processos e por um consultor jurídico. Da Presidência dependiam a Repartição de Apoio e Serviços, a Repartição Judicial, a Repartição de Análise e Investigação Documental, a Delegação de Coimbra e a Delegação do Porto.

A Repartição de Apoio e Serviços era integrada pela Secretaria Geral, pelo Gabinete de Relações Públicas, pela Secção de Contabilidade e Administração, pela Secção de Material, pela Secção de Segurança e pela Secção Sanitária. Competia à Repartição de Apoio e Serviços, através da Secretaria Geral, o encaminhamento da correspondência para o Gabinete de Relações Públicas, que se responsabilizava pela elaboração de uma informação, com os dados necessários para apreciação de cada caso.

A Repartição Judicial era composta por quatro Secções, uma Comissão Revisora, e uma Chefia e Secretaria Judicial. A esta Repartição competia a instrução dos processos previamente analisados pela Repartição de Análise e Investigação Documental, a fim de serem enviados a tribunal, a elaboração de informações destinadas, nomeadamente, à Comissão de Análise de Recursos de Saneamento e Reclassificação, a passagem de certidões para reabilitação e contagem de tempo de serviço, de certificados sobre matéria acusatória, e de fotocópias de pedidos dos arguidos ou de folhas de cadastro.

A Repartição de Análise e Investigação Documental era composta por uma Secretaria Geral e por nove Secções, designadamente, Serviços Reservados (SR), Centro de Informação relativa à Metrópole CI(I), Centro de Informação relativa ao Ultramar CI(2), Ficheiro Geral (FG), Gabinete Técnico (GT), Legião Portuguesa (LP), União Nacional/Acção Nacional Popular e Liga dos Antigos Graduados (UN/ANPILAG), Análise Especial, e Apoio e Serviços. As cinco primeiras Secções reportavam-se exclusivamente à actividade da PIDE/DGS.

À Repartição de Análise e Investigação Documental competia não só a análise e investigação dos processos, como também a posterior elaboração de participações e informações sobre os funcionários da PIDE/DGS e LP e sobre os colaboradores.

Às Delegações do Serviço de Coordenação da Extinção da PIDE/DGS e LP no Porto e em Coimbra, que ficaram com os Arquivos das anteriores Delegações da PIDE/DGS, foram atribuídas funções de investigação, relativas, apenas, a presumíveis colaboradores e informadores, tendo os processos do pessoal da PIDE/DGS sido concentrados na Sede em Lisboa.

A 31 de Janeiro de 1975, o Serviço de Coordenação da Extinção da PIDE/DGS e LP foi integrado na Direcção Geral de Reclassificação e Saneamento, criada pelo Estado Maior General das Forças Armadas, com carácter transitório, dependendo directamente do Conselho de Revolução.

A 5 de Dezembro de 1975, o Serviço de Coordenação passou a depender, para efeitos administrativos, dos Serviços de Apoio do Conselho de Revolução, e a dispor de um Gabinete de Instrução de processos crime.

A 12 de Dezembro de 1979, o Serviço de Coordenação foi reestruturado, transitando para a dependência directa do Chefe de Estado Maior General das Forças Armadas. Enquanto departamento do Estado Maior General das Forças Armadas, o Serviço de Coordenação da Extinção da PIDE/DGS e LP teve, a partir de 31 de Julho de 1980, como superintendente, com responsabilidade política, um membro do Conselho de Revolução.

Com a revisão constitucional de 1982, o Serviço de Coordenação ficou sob a tutela da Assembleia da República.
A 17 de Janeiro de 1991, o Serviço de Coordenação foi extinto, tendo sido determinado que toda a documentação deste Serviço e das comissões extintas que tutelava viesse a ser integrada na Arquivo Nacional da Torre do Tombo. No que respeita à investigação dos crimes e à punição a aplicar aos responsáveis, funcionários e colaboradores da PIDE/DGS e LP, passaram a ser aplicadas as normas reguladoras do processo penal.
Com a transferência da documentação existente no reduto Sul do Forte Caxias, para a Torre do Tombo, em 1992, passou a caber a esta instituição, por solicitação quer dos antigos funcionários da PIDE/DGS e LP, quer das vítimas, a passagem de certidões, para efeito de contagem de tempo de serviço. A partir de 1997, a legislação passou a abranger também os indivíduos que entraram na clandestinidade ou se exilaram por motivos políticos.

História custodial:
Em 1986, as Delegações de Coimbra e do Porto, ao darem por concluído todo o trabalho de investigação relativo a colaboradores e informadores, entregaram a documentação aos serviços centrais.
Com a extinção do Serviço de Coordenação da Extinção da PIDE/DGS e LP em 1991, toda a documentação, incluindo as mencionadas Delegações e as Comissões que tutelava, que se encontravam no reduto Sul do Forte Caxias, foi integrada na Arquivo Nacional da Torre do Tombo. O processo de transferência dessa documentação foi concluído em 1992.

A documentação é essencialmente composta por cópias de informações, de declarações, de certidões passadas pelo Serviço de Extinção, e de acórdãos dos Tribunais Militares Territoriais, por despachos para julgamento, por registos de correspondência recebida e expedida, por processos crime e processos de informação de antigos membros da PIDE/DGS e Legião Portuguesa e de informadores, e ainda por colecções de recortes de Imprensa.